Появление монахов
Эта заинтересованность в сельской по самому существу своему экономике начиная с XII века поставила церковь в оппозицию к интересам мирского общества купцов и ремесленников новых городов. Они выражали свое недовольство в ересях, обычно манихейского или мистического толка, утверждавших, что человек может приблизиться к богу без посредства множества жадных и ведущих распущенный образ жизни духовных лиц. Такие ереси могли быть на время подавлены силой, как в великом крестовом походе против альбигойцев в 1209 году; но к середине XIII века было найдено более удовлетворительное решение. Церковь получила новое оружие в лице привилегированных нищих и проповедников — францисканских и доминиканских монахов, которые появились частично как выражение изменившихся условий, частично как реакция на них.
Св. Франциск из Ассизы (1182 — 1226) отразил в своей жизни и проповедях, бунт беднейших горожан против собственности и чрезмерного богатства. Его учение пользовалось популярностью, но опасной популярностью, и потребовалась вся дипломатия пап, чтобы предотвратить переход его в ересь и гражданскую борьбу. Подобные трудности встречаются еще и сегодня в отношении «рабочих священников» во Франции. Даже после того как сопротивление «духовных» францисканцев было сломлено в 1312 году, их учение продолжало распространяться через Оккама (ум. ок. 1349) и Уиклифа (ок. 1324 — 1384) и проложило путь для Реформации.
Монахи - проповедники братства св. Доминика были, напротив, откровенно реакционны с самого начала. Они, очевидно, стремились применить убеждение, чтобы воспрепятствовать распространению ересей. Горожане начинали мыслить, становились даже образованными, и потребовалось направить против них все влияние ортодоксального учения. Отсюда философские труды Альберта (1193 — 1280) и св. Фомы Аквинекого (ок. 1227 — 1274); отсюда также их инстинктивная симпатия к Аристотелю, великому защитнику порядка. Насколько эффективно было это убеждение в сравнении с более грубыми усилиями крестовых походов и инквизиции, трудно сказать, но ересь подавлялась чуть ли не в течение 300 лет.
Тем не менее, несмотря на все усилия монахов, в течение двух последних столетий средневековья наблюдалось определенное ослабление церкви под влиянием поднимающихся городов и растущей силы королей, которые стали все в большей степени объединяться с городами для борьбы против поместного дворянства. Папство силой было переведено в Авиньон в 1309 году, и церковь была расколота между двумя или тремя папами с 1378 по 1418 год. Чтобы примирить этот раскол, вселенские соборы были облечены новыми полномочиями. Но даже они не сумели обеспечить порядок, и хотя они и смогли сжечь Яна Гуса в 1415 году, его последователи отказались им повиноваться и образовали независимое национальное государство в Богемии, существовавшее до 1526 года. Церковь, однако, была ослаблена только как организация; но она настолько сильно наложила свой отпечаток на научную общественную мысль, что диспуты в политике и науке в течение нескольких последующих веков должны были вестись главным образом с позиции религии.